Rochefort, le 23 décembre 1766. Déguisée en jeune homme, car il est interdit aux femmes de monter à bord d'un navire royal, Jeanne Baret embarque sur L'Étoile, l'un des deux vaisseaux de la flotte de M. de Bougainville.
Lorsqu'elle a appris que son amant, Philibert Commerson, était invité à se joindre au voyage de Bougainville, elle n'a pas hésité longtemps. Et la voilà aujourd'hui bien décidée à le suivre contre vents et marées jusqu'au bout du monde.
Jeanne est une jeune paysanne qui a le don de guérir le mal par les plantes, Philibert un naturaliste renommé. Leur amour fou les a déjà obligés à quitter le Morvan et à s'enfuir ensemble à Paris. Pas question pour elle de le laisser maintenant partir seul à la découverte de territoires extraordinaires, de peuples, d'animaux et de plantes inconnus !
Que de stratagèmes il lui faudra déployer pour paraître ce qu'elle a décidé d'être : le valet de M. Commerson ! Elle devra tenir son rang parmi les hommes d'équipage, résister aux périls qui se multiplient sur les mers du Sud. Sa folle passion et son insatiable curiosité lui font accomplir des prodiges, et elle passe bientôt pour un homme plus fort que les autres. Mais combien de temps encore pourra-t-elle dissimuler sa féminité ?
La Clandestine du voyage de Bougainville, c'est l'histoire incroyable et vraie d'une femme extraordinaire qui, par amour, décida de braver tous les interdits et de prendre tous les risques.